1632/1633  wird das Kloster Fürstenfeld durch die Truppen von König Gustav Adolf von Schweden im Dreißigjährigen Krieg geplündert, was die Flucht des Konvents nach München zur Folge hat. Die Mönche verarmen völlig, nachdem sie das Lösegeld für  sieben Religiöse zahlen, die König Gustav Adolf von Schweden in die Hände gefallen sind.

Gotische Anlage

Das Klausurgebäude des Klosters schließt, nicht wie gewöhnlich am südlichen, sondern am nördlichen Seitenschiff an, was durch das Gelände bedingt ist.

Der Kreuzgang im Zentrum dient als Verbindungsgang und als Ort für Meditation und feierliche Prozessionen

Im Westflügel des Klosters befinden sich die Gästeräume, das Laienrefektorium mit dem darüber liegenden Dormitorium, der Konversensprechraum und das Cellarium.

Im Ostflügel befinden sich der Wohntrakt für Mönche, im Erdgeschoss des Ostflügels, gleich im Anschluss an die Kirche eine kleine Sakristei und eine Bücherstube, der Kapitelsaal und das querliegende Refektorium.
Beim dem sogenannten Priorat handelt es sich um einen östlichen Anbau mit einer Bibliothek und einem nördlichen Anbau mit einem Noviziat, das sogar über eine eigene Kapelle verfügt. Vom Dormitorium, das fast das gesamte Obergeschoss ausfüllt, führt die Schlafsaaltreppe („Scala dormitorii“) direkt zum Mönchschor.

Im Nordflügel befinden sich im Erdgeschoss der Mönchssaal, das Auditorium, die Wärmstube und die Küche, im Obergeschoss ein, als Museum bezeichneter, Raum und die Abträume.

Die vermutlich flachgedeckte Pfeilerbasilika ist dreischiffig und ohne Querhaus mit einem geraden Chorschluss. Zwischen dem 14. und dem 15.Jahrhundert findet eine Umgestaltung im Inneren der Kirche statt. Südlich wird an der Kappellenreihe angebaut und östlich wir ein rechteckiger Umgangschor ergänzt.

Außen befinden sich ein Dachreiter, eine Fassade mit Türmchen an beiden Seiten und getrepptem Giebel in der Mitte. Von 1661-1668 wird unter Abt Martin Dallmayr die südliche Kappelle und der Umgangschor im Osten entfernt, außerdem wird eine Vorhalle angebaut.  

Der Hochaltar ist  Maria, der Kirchenpatronin Fürstenfelds, und ihrem Sohn geweiht.
Möglicherweise handelt es sich hierbei um eine Stiftung Herzogs Sigmund von Bayern, die von Abt Jakob (1467-1480) in Auftrag gegeben wurde.

Im Schrein des großen Flügelaltars befinden sich drei große Figuren.

In der Mitte ist die „thronende Traubenmaria“, flankiert von zwei Stehfiguren des Heiligen Benedikt in Lebensgröße zu sehen.

Seitlich des Mittelschreins befinden sich je zwei Altartafeln mit Gemälden, die Szenen aus dem Leben Marias zeigen. („Geburt Christi“, „Pfingstwunder“, „Kreuzigung“ und  „Gefangennahme“). Diese sind jeweils 12,3m hoch und 6,9m breit.

Früher befanden sich außer dem Hochaltar und dem Kreuzaltar noch 16 Seitenaltäre und Bildwerk in der Kirche. Davon wurden eine frühgotische Sandsteinmadonna, bei der es sich angeblich um ein Geschenk Kaiser Ludwigs des Bayern handelt und die heute als Gnadenbild gesehen wird, und ein spätgotisches Kruzifix, das heute in barocker Fassung über dem Kreuzaltart zu finden ist, übernommen.

Das hölzerne Fürstenfelder Stiftergrabmal wird  im 16.Jahrhundert als Denkmal für Ludwig den Strengen und seiner Familie im Zeichen der Dankbarkeit und Verehrung des Klosters und seinen Stifter errichtet..

Die  Figuren von Ludwig dem Strengen und seinem Sohn, Ludwig dem Bayern, auf dem Hochgrab, tragen das Kirchenmodel Fürstenfelds. Verbunden mit der Figur Ludwigs des Strengen sind die seiner drei Gemahlinnen. Nachdem das Grabmahl im Jahre 1632 durch die Schweden weitestgehend zerstört wurde, wird es im 17.Jahrhundert umgestaltet. Durch die  Umgestaltungen im 17.Jahrhundert, wird das ursprünglich an exponierter Stelle in der Mitte des Chores vor dem Hochaltar, hufeisenförmig umgeben von Chorgestühl befindliche Grabmahl nun aufrechtstehend an der Rückseite des Hochaltars platziert.

Barocker Neubau:

Der Neubau der barocken Klosteranlage und der Klosterkirche ist hauptsächlich auf den Tatendrang zweier Äbte zurückzuführen. Schon im 17.Jahrhunder  wird das durch den 30-jährigen Krieg zerstörte Kloster durch den bedeutenden Abt Martin Dallmayr (1640-1690) saniert. Obschon Martin Dallmayr zu dieser Zeit das Tochterkloster Waldsassen neu einrichtet, gelingt es ihm das Klosterbauvermögen von 115fl auf 150000fl zu vermehren, was die finanziellen Fähigkeiten des Abts Dallmayr noch mehr in den Vordergrund treten lässt. Daraus profitierend lässt Dallmayrs Nachfolger, Abt Balduin Helm (1690-1705), den kompletten Neubau des Klostergebäudes durchführen und den Bau der neuen Kirche wenigstens beginnen. Der Kurfürst Max Emanuel drängt darauf, in Fürstenfeld eine Art „Escorial“ entstehen zu lassen, was darauf zurückzuführen ist, dass Fürstenfeld schon seit der Gründung um 1263 das Hauskloster der oberbayrischen Herzöge darstellt, später dann das, der bayrischen Kurfürsten und zeitweise dient die Kirche sogar als Grablage der Wittelsbacher. Der Baumeister Giovanni Antonio Viscardi selbst war 1691 bei der Grundsteinlegung zur neuen Klosteranlage durch den Abt Balduin anwesend. Schon neun Jahre später jedoch waren die Bauarbeiten soweit fortgeschritten, dass das neue Klostergebäude bezogen werden konnte. Am 5.August 1700 findet die Grundsteinlegung der neuen Kirche statt. Nur drei Jahre später wird der Bau wegen der enormen Kosten eingestellt. Im Jahre 1713 verstirbt  Viscardi  in München, doch wird der Kirchenbau 1714, nachdem Max Emanuel mit dem Frieden von Rastatt all seine Ländereien zurückbekommt, unter Abt Liebhard Keller, der nach dem Tode des Abts Kasimirs das Kloster übernimmt, wieder aufgenommen. 1717  wird  die mittelalterliche Kirche abgebrochen und sechs Jahre später, 1723, wird der Chor vollendet. Im Jahre 1736  wird der gesamten Kirchenbau fertiggestellt und am 16.07.1741 findet seine Einweihung statt. Die  Kirchenfassade der Kirche zeichnet sich besonders durch ihre machtvolle Gliederung und die  Prostasensäule aus. Im Innenraum befinden sich ein tonnengewölbter Langhaussaal und der stark eingezogene Langchor. Der Langhaussaal wird von den stark einfallenden Wandpfeilermassiven und quereckigen Abseiten eingeteilt. An beiden Flankenseiten  befinden sich Wandpfeiler mit Halbsäulen und an den  Stirnseite Wandpfeiler mit einem Säulenpaar. Der Aufbau ist bestimmt durch die kräftigen Wandpfeiler, die hohe Attika und die Langhaustonne, in die Stickklappen einschneiden. Die Gliederung von Säulen und Gewölbegürteln wird zu durchgehenden Bahnen zusammengeschlossen. Dazwischen ummanteln hohe Wandpfeiler die Saalräume. Die Gesamterscheinung ist durch die Wechselwirkung und Richtungskontraste zwischen den langgestreckten Saalräumen und den lichten Wandpfeilerbuchten geprägt. Die barocke Anlage entspricht dem Zeitgeschmack und den Vorstellungen von Prachtentfaltung, mit den ehemals strengen Ordensvorschriften der Zisterzienser hat sie jedoch nichts mehr gemein. Daher ist Fürstenfeld eines der ersten frühen Beispiele in Bayern für den Wunsch und den Anspruch nach Repräsentation, der in den folgenden Jahrzehnten dominieren sollte. Bis heute hat sich am Kloster, so wie es der Abt Balduin Halm konzipierte, nicht viel geändert. Zentrum des Ganzen ist die Kirche, um die sich vier Höfe und zahlreiche Gärten gruppieren. Die repräsentative Schauseite, welche zum damaligen Ort Bruck hinzeigt, setzt sich aus vier Verbindungsstücken zusammen und bietet in ihrem ständigen vor und zurück ein Bild der Vielfalt, was zum einen durch die stark bewegte Dachlandschaft, zum anderen durch die Baublöcke und Giebelfassaden bewirkt wird. Kurzum, die Schauseite ist eine „Zwillingsfassade“ mit zwei gleichwertigen Hälften. Darin spiegelt sich exakt die damalige Funktion des Klosters wider: Die linke Seite ist die des Konvents, die rechte die des Kurfürsten. Bibliothek, Refektorium, Rekreationszimmer und Priorat befinden sich hinter der linken Hälfte. Im rechten Teil, dem herrschaftlichen Teil des Klosters, befindet sich der Haupt- und Staatseingang, auf den ein breiter Brückenweg zugeht. Diese Zwillingsfassade sollte also symbolisieren, dass Fürstenfeld ein kurfürstliches Kloster war. Die Kirche lässt sich, insgesamt betrachtet, als ein Nachfolgebau von St. Michael  verstehen, der die weitere bayrische Wandpfeilerbauweise verarbeitet und zugleich in einen italienischen Säulenornat gekleidet ist.

Stuckarbeiten und Bilder:

Der Münchner Maler Johann Gerbl (*1623) liefert im Rechnungsjahr 1690/1691 die gerahmten „Contrafee“ des bayrischen Kurfürstenpaares Max Emanuel und Maria Antonia, des Erzbischofs von Köln Joseph Clement und des Kaiserpaares Leopold I. und Eleonora. Mit Viscardi kommt  ein Trupp oberitalienischer Stuckatoren unter der Leitung des Comasken Giovanni Niccolò Perti nach Fürstenfeld. Den Stuck schaffen die italienischen Künstler unter der Leitung von Francesco und Jacopo Appiani. Die gesamten Deckenfresken des Klosters und der Klosterkirche gehen auf Cosmas Damian Asam und Pietro Francesco Appiani zurück. Die fünf Deckenbilder des Langhauses verbinden zentrale Stationen der Erlösung der Menschheit durch Christus mit Szenen aus dem Leben des heiligen Bernhard von Clairvaux: Verkündigung an Maria – Traum der Mutter Bernhards; Geburt Christi – Bernhards Vision von der Geburt Christi, Auferstehung – Predigt Bernhards vor dem Herzog von Aquitanien, Himmelfahrt – Eintritt Bernhards und seiner Gefährten in den Zisterzienserorden, Sendung des Heiligen Geistes – Frömmigkeit des hl. Bernhard in der besonderen Hinwendung zum Gekreuzigten und zu Maria. Neben den großen Bildern sind heilige Zisterzienser dargestellt. Die Deckenbilder im Chor zeigen unter Anderem Maria in der himmlischen Herrlichkeit und die Stiftung des Klosters.
Während die Gemälde hauptsächlich von Asam stammen, so war Appiani mehr für die auffällige Stuckierung zuständig. Die Deckenbilder in der Kirche zeigen die Gründung Fürstenfeldbrucks und des Zisterzienserordens. Vieles spricht dafür, dass der Entwurf noch von Egid Quirin Asam stammt, da der Altar mehrere, für Asam typische Merkmale enthält. Durch das Einbeziehen der Fenster in die Altarkomposition, wird die barocke Schauwand lichtbestrahlt. Die Figuren werden Franz Xaver Schmädl zugeschrieben, das Altarblatt ist von Nepomuk Schöpf. Dargestellt ist Maria, die von Engeln zum Himmel getragen wird.. In den Langhauskapellen befinden sich zehn Seitenaltare, die sich paarweise entsprechen. Die Künstler, die hier am Werk waren sind neben den bereits erwähnten Künstlern Egid Quirin Asam, J.N. Schöpf, F.X. Schmädl, auch der Münchner Hofmaler Johann Georg Wolff und Ignaz Baldauf.  Die Orgel wird im Jahre 1734 von dem berühmten Orgelbauer Johann Fux vollendete Meisterwerk ist heute noch in wesentlichen Teilen unverändert erhalten und gilt wegen seiner Größe und hervorragenden klanglichen Qualität als eines der bedeutendsten Denkmäler des barocken Orgelbaus in Bayern.